吴昌国编著的《中医基础理论》主要讲述中医学的基础理论，内容非常丰富，涉及阴阳五行、藏象、气血津液、经络、病因、病机、预防及治疗原则等。在编写方式上，尽量保留中医固有的术语，以保持中医传统特色不变。并采用全白话文形式，以使行文流畅易读。
为了防止篇幅冗长，编写中除了在文字上反复修饰，使其更加精炼外，还在内容上详略上进行了恰当的处理，以防止与其他分册内容重复。职经络循行部位、脏腑辨证、养生防病等内容，可参阅《中国针灸》、《中医诊断学》、《中医养生康复学》等分册，本书不作详细介绍。
中医学是不同于现代医学的一个独特的医学体系，所以本书中所涉及的一些名词术语，如心、肝、脾、肺、肾等，与现代医学的同名词语在概念上有很大差别，希望读者在学习时加以注意。