《临床常见疾病诊疗手册》第2版在保留第1版内容特色和编写格式的基础上，增补了“风湿病科”、“老年医学科”等章节，同时将第十二篇“职业病及其他内科疾病”的内容做了调整。对于涉及多学科的疾病，由相关性最强的专科编写，其他专科只编写不同的治疗部分；为避免重复，一般非特异性常规检查项目已省略，临床工作中可根据实际需要选用。手术治疗部分只编写有特殊要求的内容，常规术前准备和术后处理不编写。为满足读者需求，删除的内容为已经基本消失或变成极罕见的疾病，或随着治疗手段的进展重点转移到其他学科的疾病。
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