不久,天子再次仓皇出奔,残存的一点威严荡然无存。当时丧乱后,国藏虚竭,各地藩镇都停止了上供,朝廷的三司转运连调发物资的地方都没有了,而度支使能收来的也只有京畿、同、华、凤翔等数州租税。由于得不到足够的军饷,禁军中充满了怨言。田令孜心急如焚,于是上奏天子,要求河中节度使王重荣将其所占据的安邑、解县两地的盐池还给朝廷,用盐池收入来供养禁军。王重荣自然不高兴将这一块肥肉出让,便以自己曾在平定黄巢之乱中立下大功为由,拒绝了朝廷的命令。打了一段时间笔墨官司后,光启元年(公元885年)五月,田令孜干脆一不做二不休,以朝廷名义下诏将王重荣改任为泰宁节度使,任命泰宁节度使齐克让为义武节度使,义武节度使王处存为河中节度使,又命令河东节度使李克用率军援助王处存赴河中接任。
王重荣拒不奉诏,并上表称田令孜离间君臣,指责其犯有十大罪状。田令孜见王重荣不就范,便联合静难节度使朱玫、凤翔节度使李昌符两人,希望依靠这两镇的军力解决王重荣,王重荣则向河东节度使李克用求救,引河东军进入关中。僖宗皇帝多次派遣使者要求双方和解罢兵,但此时的天子诏书早已失去作用。光启元年(公元885年)十一月,田令孜下令神策军出兵,在会合朱玫、李昌符两军后屯兵位于洛河和渭河之间的战略要地沙苑,开始了对河中镇的征伐。王重荣也立刻发兵迎战,两军对峙一个多月后,李克用率军赶至,沙陀军骁勇善战,远胜静难、风翔两镇兵马,胜利的天平立刻倒向王重荣一方。一仗打下来,讨伐军大败,朱玫、李昌符率残部逃归本镇,李克用则乘胜率军直逼京城。
田令孜惊惧不已,再次裹胁着僖宗逃出了长安城,出幸凤翔。此时,离僖宗回到长安城还不到一年,在黄巢之乱中残存的府寺民居也被乱军焚掠殆尽。不久,田令孜又劫持僖宗出幸宝鸡。得到消息的部分朝臣追赶着天子乘舆一路前行,结果碰到乱兵,衣物尽被劫走,带着太庙神主逃亡的宗正也在路上遇到强盗,神主在混乱中全部丢失。此时,朱玫、李昌符两人见李克用势强,连忙与其讲和,宣布讨伐田令孜,并发兵追赶天子一行人。田令孜见宝鸡无法再待下去,又带着僖宗经散关逃亡兴元,并在凤州、兴州设置感义军,以神策军指挥使杨晟为节度使,防守散关。当时形势十分危急,山南西道节度使石君涉已经投向了朱玫、李昌符一方,并派兵在险要关隘设置了障碍,烧毁了路上全部驿站。僖宗君臣一行只得走小路逃亡,道路崎岖狭窄,充满艰险。有一次,前方栈道被李昌符所部纵火焚烧,幸好神策军使王建扶着僖宗冒着火焰一跃而过,赶在栈道倒塌前通过此地,皇帝才幸免于难。朱玫的追兵在击破据守石鼻关的禁军后尾随着皇帝一行人死死不放,僖宗好几次差点被追上。在逃亡路上,宋文通作为扈跸都将一直随从左右,冒着锋镝矢石保护僖宗顺利到达兴元,他的表现无疑被僖宗铭记心中。
光启二年(公元886年)四月,朱玫、李昌符在风翔拥立嗣襄王李煴权监军国事,其后又带着他回到长安,另立了小朝廷,天下藩镇“受其命者什六七”。朱玫又派遣大将王行瑜率兵五万进攻兴州,感义节度使杨晟数战不利,只得放弃散关,之后又逃往文州,王行瑜所部进屯凤州。在此危急之际,宋文通受命与保銮都将李鋋、扈跸都将陈佩等人屯兵大唐峰,抵御王行瑜所部进犯。大唐峰上,宋文通率部死战不退,使王行瑜寸步不得前进,不久后,官军又收复了兴州,稳定了战局。此时,李昌符因为朱玫把持大权,十分不满,最终反戈一击,倒向了朝廷,河东节度使、河中节度使王重荣也因不愿接受朱玫的命令,转而宣布将奉朝廷之命讨伐乱臣。朝廷终于渡过了危局。
面对急转直下的战局,朱玫病急乱投医,于当年十月拥立襄王即皇帝位,改元建贞,并遥尊僖宗为太上元皇帝,但此时即使有真皇帝也不管用了,更何况是个伪皇帝。十二月,王行瑜因为屡次战败,害怕获罪于朱玫,于是先发制人,自凤州前线倒戈,回军诛杀了朱玫及其党羽数百人,朝廷顺水推舟,任命他为新任节度使。朱玫拥立的伪帝襄王亦被河中节度使王重荣诱杀。
光启三年(公元887年)正月,朱玫之乱被平定后,朝廷论功行赏:宋文通扈跸山南,论功第一,迁检校太保、同平章事,晋爵陇西郡公,并授以旌节任命其为武定军节度使;同时,朝廷还赐予他国姓,将他改名为李茂贞,并附入宗室郑王一房;此外,僖宗还为他起了一个字:正臣。至此,时年三十二岁的宋文通完成了人生最重要的转变,他成了位列皇室宗谱的藩镇大帅李茂贞。
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