从生命肇始到事业巅峰，洛克的社会为宗教冲突所主宰。孩提时代，他在英国内战中成长，即使以宗教战争的标准衡量，这场战争也是血腥的。光荣革命(Glorious Revolution)时期，他的政治和哲学成就达到高峰，在革命中，专制国王被推翻，在英国历史上国会首次获得正式承认。
整个这段过渡时期是一场漫长的、慢镜头式的政治危机，起因仍是潜在的宗教冲突。不时发生暗杀，刑事审判中充斥着伪造证据和操纵陪审团的现象，阴谋和反阴谋遍布各地，大权在握的贵族和大臣豢养自己的间谍网，互相窥伺。国会一度试图阻挠国王的继承人登上王位，而国王则试图解散国会，予以反击。几年后，一场大规模叛乱被武力平定。
但是尽管如此，洛克仍然在一个安定、祥和与相对宽容的社会中度过他的余生。1688年的光荣革命成了在英国围绕着宗教而展开的一个半世纪的政治危机的最后的抽搐。说它是最后，是因为它取得了宗教和政治之间的新的和解——有洛克的盟友设计和实施，他自己也积极参与。新和解在他的作品中得到了雄辩有力的表述。第一节教会、国家和良心——宗教改革
在1500年间，从基督教信仰在第三和第四世纪的首次广泛传播，到18世纪启蒙运动的最后阶段，基督教为欧洲的政治秩序提供了道德基础，也就是说，基督教这一指导框架奠定人们何为正当、何为不正当的概念。在整个这段时间里，他们把教会看作是宣传基督教教义的权威声音。不是这个或那个具体的教会，而是“教会”——根据信徒们必须团结起来这一上帝的训诫，只有一个教会，也只能有一个，甚至在11世纪发生的罗马和东方教会之间的大分裂也未能改变这个基本事实。如果你生活在西方，那么你的教会认可的是罗马的权威；如果你生活在东方，你的教会就不会认可罗马的权威。但是不管你身处基督教世界的任何地方，如果你想知道什么符合基督教教义，什么不符合基督教教义，权威性答案来自“教会”。
在整个基督教历史上，教会权威广受争议。每个人都承认，统治政治共同体的职责属于公民统治者，而不属于僧侣阶层。但是他们也认为，教会有权说出什么行为在道德上是可接受的，什么行为在道德上是不能接受的，即使统治者也要遵守。这意味着，在公民统治者和僧侣阶层之间有必要实施权力分割。如何在两者之间划定界限，一旦发生有关界限的纠纷由谁来仲裁，这个话题引起了无休止的争论。当公民统治者感觉教会越界了，他们便常常无视教会的命令，但是“教会”是神学问题的最终裁判，理应在社会生活方面享有一定的权威，这一根本假定却没有争议。
当马丁·路德于16世纪早期挑战了教会权威的传统观念以后，这些假定就不再被视为理所当然了。路德使成百上千万欧洲人相信，“教会”没有最终的权威来宣布什么是基督教教义，什么不是基督教教义，而之前许多所谓的改革者未能做到这一点。相反，每个信徒的责任是自己直接从经书(scripture)中学习基督教教义，教会可以通过教育和倡导帮助人们这么做，但是分清真理和谬误这一终极权利和义务则属于个人。正如他所写：“每个人为自己的信仰负责。”
由于中世纪有关教会权威的观点已植入政治和社会秩序的结构达1000多年之久，新教每到一地，政治动乱也随之而来。到16世纪中叶，新教在德国、英国、法国、荷兰等国家要么是多数派，要么是很大的少数派。欧洲大陆除西班牙和葡萄牙外，其他几乎都因为新教运动而导致政治体系陷入混乱。
16世纪的宗教改革运动没有质疑以下这个观点，即基督教应该提供政治和社会的道德基础，很大程度上，它仍然希望政府从基督教那里寻求指导它的行为的是非标准，它质疑的是教会是基督教教义的权威裁判这一观点。
结果，虽然在新教徒掌权的地方中世纪教会的权威观点被取代了，但是这并未将基督教从政治秩序中驱逐出去，相反，在这些地方，对基督教的不同理解和谁有权利解决神学争端等方面的不同看法变成了政治秩序的基础。虽然新教徒们在神学基础上有着广泛的共识，但是在如何解决神学争端上分歧很大。
不同的国家尝试了许多不同的方法。从1555年起，德国皇帝允许每座城镇的当地统治者自行决定采用何种神学引导他的统治，并且任命当地的牧师；从1598年到1685年，法国国王也允许皈依了新教的地方统治者享有相同但是有限的宗教自主权。相比之下，在苏格兰和日内瓦，市民统治者被要求在神学问题上尊重教会的“长老”(elders)，而长老则由全体市民选举产生。P21-23